FUJIFILM GFX 50S sử dụng ngàm G, ngàm có đường kính 65mm, khoảng cách từ phần mép của ngàm đến cảm biến hình ảnh là 26.7mm và khoảng cách ngắn nhất từ cảm biến hình ảnh đến thấu kính hội tụ sau cùng của ống kính là 16.7mm. Ngàm sử dụng 12 điểm giao tiếp điện tử để gửi và nhận dữ liệu, hỗ trợ sử dụng nhiều loại ống kính và phụ kiện khác nhau. Do có thiết kế khoảng cách từ ngàm đến phần sau của ống kính ngắn, cùng với lợi thế của hệ thống máy ảnh không gương lật của FUJIFILM, giúp việc thiết kế ống kính dễ dàng hơn, góp phần đẩy nhanh quá trình phát triển các ống kính dòng GF, nhỏ gọn và hiệu suất cao, đồng thời hạn chế được hiệu ứng tối bốn góc ảnh và có độ sắc nét đồng đều.