Thân máy ảnh FUJIFILM GFX 50S làm bằng hợp kim magiê có khả năng kháng bụi, nước và chịu được ở nhiệt độ thấp. Dù mang trong mình một cảm biến hình ảnh lớn, nhưng máy ảnh vẫn nhỏ gọn nhẹ và rất bền bỉ. Thân máy GFX 50S có trọng lượng xấp xỉ 920g, làm máy ảnh gọn và nhẹ một cách kinh ngạc bất kể đây là một máy ảnh khổ trung bình, đặc biệt khi gắn với ống kính có kích thước nhỏ. Các niêm dán bên trong giúp máy ảnh chịu được bụi, hơi ẩm và nhiệt độ thấp. Điều này khiến sản phẩm là một lựa chọn hoàn hảo để chụp ảnh trong điều kiện khó khăn, cũng như dùng trong phòng chụp.