FUJIFILM GFX 50R có các nút chức năng (Fn) có thể tùy chỉnh. Các chức năng khác cũng có thể đưa vào trong menu Q (truy cập nhanh). Hay đăng ký những chức năng thường xuyên sử dụng vào trong một menu riêng (My Menu). Ngoài ra, tính năng thay đổi những mục đã đăng ký cho phép lưu và đổi tên những cài đặt giả lập phim và chất lượng hình ảnh.