キュー王立植物園（RBG）には世界最大級の植物・菌類標本コレクションがあり、世界中から集められた800万点以上の標本が保管されている。
キューにある植物標本館と菌類標本館は、研究者が自由に利用できるようになっているが、世界の科学者コミュニティは、これらのリソースがさらに利用しやすくなることで、計り知れない利益を得ることができると考えられている。そのため、キュー研究所のチームは、FUJIFILM GFX100S と FUJINON GF63mmF2.8 R WRを使用して、全コレクションのデジタル化という途方もない仕事に取り組んでいます。
「私たちは現在、800万点を超える植物と菌類の標本のデジタル化を完了させるという、これまでで最も野心的なプロジェクトに着手しています。これらの標本は、世界的な課題に対する研究を支えています。私たちのすべての画像と標本をオンラインで自由に利用できるようにすることで、世界中の人々がこれらにアクセスできるようになり、研究が加速されるでしょう。」
膨大な量をどうデジタル化していくか
800万点のデジタル化には、まったく新しい規模の困難が待ち受けていた、とマリー＝エレーヌは説明する。「大規模なロジスティック作業でした」と彼女は言う。
デジタル化プロジェクトが始まって以来、RBGキューは、デジタル化担当者、品質保証担当者、運営、サポート、キュレーションスタッフ、チームリーダー、データ管理者など、大規模なチームを採用し、訓練し、監督しなければならなかった。
マリー＝エレーヌはこう続ける。「私たちは、研究者や訪問者のために薬草園や菌類園を閉鎖しませんでした。しかし、そのために40台以上の画像処理ワークステーションを設置するスペースを確保するのに苦労しました。」
FUJIFILM GFX100S
キュー王立植物園（RBG）のチームは、拡張性のあるワークフローの中で、使いやすさに加え、極めて高い精度を提供するイメージングソリューションを求めており、富士フイルムのGFXシステムを採用した。
「標準サイズの標本シートは、GFX100SカメラとGF63mmF2.8 R WRレンズで撮影しています。カメラはライトボックス（Kaiser RB 555 AS LED照明ユニットで照明される部分的に密閉された撮影ステーション）に取り付けられています。」
「私たちは科学研究用の画像を作成しているため、高い精度と解像度が2つの要素が必須でした。GFX100Sには1億200万画素のラージフォーマットセンサーが搭載されており、画像のディテールも最大限に引き出すことが可能です。つまり、研究者がこれらの写真を使用する場合、解像度の高さによって、植物の部分の質感や複雑な構造を実際に調べることができるのです。」
「もうひとつの重要な要素は機動性です。撮影は、管理されたスタジオ環境ではなく、薬草園と菌類園全体でその場で行われます。スペースの制限や、キューにいる他の同僚の仕事への影響など、課題はありましたが、コンパクトなGFX100Sの高い機動性により、クリアすることができました。
撮像プロセス
「園内で撮影する際、露光設定は撮影場所ごとに異なります」とジョニーは説明する。「私たちは、標本内を余すことなく記録する為に、被写界深度を確保できるよう絞り値はF11からF13の間設定したいと考えておりました。この絞り設定に対して、シャッタースピードとISOのバランスをとる。撮影場所は隔離されておらず、周辺は人通りがあるので、シャッタースピードを設定する際はブレにも注意する必要がありました。ISOはこのような状況では可能な限り低くしています」。
「一貫性を保つため、私たちの画像は、GoldenThread NXT Softwareを使用して、FADGI（Federal Agencies Digital Guidelines Initiative）画像基準に照らして分析してます。このガイドラインを使用することで、多くのステーションで一貫性を保つことができます。
「私たちは、製本されていない文書や絵画、2次元の美術品に使用されるパラメータ性能レベルに基づく、3つ星の最低基準を目指しています。
それぞれのGFX100Sを専用のコンピューターに接続し、ソフトウェアを使って操作することで、連続して撮影できる標本の量が大幅に増え、プロセス全体が簡素化された。
「私たちのカメラはMac Minisにテザー接続され、Capture Oneに接続されています」とジョニーは説明する。デジタル化担当者は、Capture Oneのライブビューフォーカスアシストツールを使用して最適なフォーカスを確保し、キーボードコマンドを使用してカメラ本体に触れることなくシャッターを切ることができる。
その後、手持ちのバーコードスキャナで素早くファイル名を付け、エクスポートしてTIFFに変換し、マックス・コミュニケーションズの特注メタデータソフトウェアを使用してデジタル化しました。「GFX100Sはユーザーフレンドリーで、威圧感のない機材です。私たちのデジタイザーが必ずしも写真撮影の知見やノウハウを持っているとは限らないので、これは助かりました。」
デジタル化の観点から重要な技術サポートは、プロジェクト・パートナーのマックス・コミュニケーションズが提供。同社が独自に開発したクラウドベースの管理ソフトウェアにより、テープ起こしやメタデータの記録が、可能な限り時間をかけずに行えるようになった。
今後
これほど大きなアーカイブがあれば、隠された宝物が発見されるのは必然である。チャールズ・ダーウィンを含む、ビクトリア朝時代の有名な科学者が扱った標本が時折再発見されることは、このプロセスを象徴している。
「私たちのデータポータルとGBIF（世界生物多様性情報ファシリティ）で公開される情報が、植物学者、分類学者、植物科学者、その他生物学分野の人々にとって、より良いリソースになることを願っています」とマリー＝エレーヌは意気込んでいる。
2024年7月現在、GBIFではすでに200万以上の標本が、キュー・データ・ポータルでは150万近くの標本がデジタル化されており、英領ヴァージン諸島の絶滅危惧種の保護を目的とした保全プロジェクトなど、デジタル化されたアーカイブを利用した重要な研究がすでに実施されている。より広範なさまざまな研究への恩恵は計り知れない。
「私たちは、人々がこのコレクションを、私たちがまだ思いつかないような他の方法でどのように利用するのか、とても楽しみにしています」とマリー＝エレーヌは締めくくった。「最終的には、デジタルコレクションが新たな知識と解決策を提供する重要な要素となり、世界的な課題への取り組みに真の効果をもたらすことを目指しています」。
