Le FUJIFILM GFX 50R enregistre les photos sous un grand nombre de formats et de compression différents, dont deux tailles de fichier et trois niveaux de compression en JPEG, ainsi qu’en RAW (compressé et non compressé). Lors d’un enregistrement exclusif en RAW, l’appareil enregistre en même temps des vignettes de 12 mégapixels. Sa fonction de conversion RAW intégrée permet le traitement des fichiers RAW et leur sauvegarde au format TIFF 8 bits.